Dĺžka úpravy génu tradičnou technológiou je väčšinou menšia ako 5 kb a čím dlhší je upravený fragment, tým nižšia je miera úspešnosti.Okrem toho na vytvorenie modelu knock-in/knock-out myší s použitím tradičných techník je potrebné chimérické myši chovať a testovať 2-3 generácie, aby sa získali cieľové myši, a celý proces trvá viac ako 10- 12 mesiacov.
Výhody úpravy génov dlhých fragmentov spočívajú v jej schopnosti prekonať určité obmedzenia tradičných metód úpravy génov.